Οι μισοί πρόσφυγες παγκοσμίως είναι παιδιά και τα μισά από αυτά δεν πηγαίνουν σχολείο και δεν έχουν δικαίωμα στην εκπαίδευση. Η «Αποστολή» δραστηριοποιείται στον χώρο της εκπαίδευσης σε παιδιά πρόσφυγες που ζουν σε δομές φιλοξενίας στην Αθήνα μέσα από το Κέντρο Εκπαίδευσης για τα Παιδιά του Κόσμου. Το Κέντρο προσφέρει από τον Οκτώβριο του 2017 το πρόγραμμα “Supporting Refugee Children’s and Youth’s Resilience Through the Provision of Non-Formal Education and Psychosocial Support”, σε παιδιά ηλικίας από 6 έως 17 ετών.

Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα περιλαμβάνει μαθήματα ελληνικών και αγγλικών, ενισχυτική διδασκαλία σε παιδιά που φοιτούν σε δημόσια σχολεία, δημιουργική απασχόληση και βιωματικά εργαστήρια με μαθήματα ζωγραφικής, κατασκευών, ομαδικών επιτραπέζιων παιχνιδιών και ηλεκτρονικών εφαρμογών, ανάπτυξη δεξιοτήτων (Life skills), ψυχοκοινωνική στήριξη γυναικών και ενδυνάμωση γυναικών μέσα από προγράμματα τεχνικής κατάρτισης, όπως ραπτικής και κεντήματος.

Το πρόγραμμα λειτουργεί στην Αθήνα, ενώ παρόμοια προγράμματα μη τυπικής εκπαίδευσης οργανώνονται σε διάφορα άλλα αστικά κέντρα της Ελλάδας, με την πρωτοβουλία της Αποστολής. Τα εκπαιδευτικά προγράμματα της Μη Κυβερνητικής Οργάνωσης της Εκκλησίας της Ελλάδας, υποστηρίζουν και άλλοι διεθνείς φορείς, όπως η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, η Εκκλησία της Σουηδίας, Οι Δάσκαλοι Χωρίς Σύνορα (Teachers Without Borders), κ.ά., ενώ το πρόγραμμα υλοποιείται με την υποστήριξη του Οργανισμού International Orthodox Christian Charities (IOCC).